Das Pfitscherjoch-Haus wird im Jahre 1888 von Alois Rainer, dem Urgroßvater des heutigen Eigentümers und Wirt des Knappenhofes in St. Jakob in Pfitsch, errichtet. Bereits Anfang der 1890er Jahre folgt ein erster Anbau, der 1897 fertig gestellt wurde und bis heute fast unverändert bestehen blieb.
bleibt die Schutzhütte geschlossen. In der Zwischenkriegszeit ist nur der Holzteil des Hauses für Gäste zugänglich, da der Anbau vom italienischen Militär beschlagnahmt wird.
wird ein Teil des Hauses von der italienischen Finanzwache als Zoll- und Grenzstation genutzt.
Wegen der Unruhen in Südtirol beginnend in den frühen 1960er Jahren wird das Pfitscherjoch-Haus von 1963-1970 vom italienischen Militär zwangsbesetzt. Im Laufe der Unruhen kommt es im Mai 1966 zu einem Sprengstoffanschlag, bei dem der Holzteil des Hauses zur Gänze zerstört wird und ein Beamter der Grenzwache, Bruno Bolognesi, getötet wird.
bauen Stephan Volgger und Paula Rainer, die Wirtsleute des Knappenhofes, das Haus neu auf. Seit 1973 wird die Hütte wieder bewirtschaftet, zunächst nur im Tagesbetrieb, seit 1977 auch wieder für Übernachtungen.
sind Josef Volgger und Priska Rainer die Wirtsleute am Joch. Im Jahr 2008 wird der Familienbetrieb von ihrem Sohn Leopold, nunmehr bereits in fünfter Generation, übernommen.
ist das Pfitscherjoch-Haus, als eine der ersten Schutzhütten Südtirols, an das öffentliche Abwassernetz der Gemeinde Pfitsch angeschlossen. Dafür musste eine 3,3km lange Kanalleitung vom Pfitscherjoch auf 2276 Metern Meereshöhe nach Stein auf 1460m verlegt werden. Gleichzeitig wurde neben diesem Kanal eine Mittelspannungsleitung zum Jochhaus verlegt, welche die Stromversorgung der Hütte über ein privates E-Werk im Tal gewährleistet. Das Dieselaggregat am Jochsee konnte abgeschaltet werden und dient heute nur noch als Notstromaggregat bei Stromausfällen im öffentlichen Netz. Der im Betrieb anfallende Müll wird sorgfältig getrennt und vom Eigentümer mittels Geländewagen und Anhänger ins Tal zur Sammelstelle gebracht.